Neatkarīgas valsts vēstures muzejs (1990–)
1990. gados muzejs pārkārtoja darbu jaunajos neatkarīgas valsts apstākļos. Pakāpeniski tika izveidota jauna muzeja pamatekspozīcija, attīstīta starptautiskā sadarbība, aizsāktas zinātnisko konferenču rīkošanas tradīcijas un aktivizēta muzeja izdevējdarbība.
Pēdējās desmitgadēs veidoto izstāžu tēmas aptvērušas gan senākos Latvijas vēstures periodus, gan arī 20. gs., tās raksturo tematiska daudzveidība. Nozīmīgs muzeja izstāžu, pētniecības un izdevējdarbībā bija projekts “Latviešu saknes”, kura ietvaros tika izveidotas izstādes “Kurši – jūras laupītāji, tirgotāji, zemnieki” (1996), “Latgaļi” (2000), “Lībieši” (2001), “Zemgaļi” (2003), “Sēļi” (2005), “Ceļā uz latviešu tautu” (2014).
Īstenotas arī vairākas izstādes ārzemēs: “Sāga par Latviju” (Zviedrija, 1991), “Latviešu tautas tērps un rotas laika gaitā” (Dānija, 1995), “Latgaļi – kriviču kaimiņi” (Krievija, 1999), “Latvijas vēsture, māksla, tradīcijas” (Francija, 2001), “Trīs zvaigznes – trīs kroņi” (Rīga, 2001, Stokholma, 2002), “Vēsturiskais portrets Latvijā” (Baltkrievija, 2003, Lietuva, 2004), “Zemgaļi” (Lietuva, 2005), “Nauda Latvijā” (Austrija, Igaunija, 2007; Vācija, 2008; Grieķija, 2014), “Senās Latvijas dārgumi” (Polija, 2007), “Daudzās Latvijas maztautas” (Vācija, 2008), “Dzintars – Baltijas jūras dārgakmens” (Ukraina, Baltkrievija, 2015) u. c.
Tradicionāli kļuvuši muzeja zinātniskie lasījumi, muzejā tiek rīkotas starptautiskas konferences, bet kopš 1990. gadiem muzeja darbinieki regulāri piedalījušies citu institūciju rīkotajās konferencēs, semināros un pasākumos Lietuvā, Igaunijā, Polijā, Vācijā, Zviedrijā, Nīderlandē, Francijā, ASV u. c.
Muzejs veic aktīvu izdevējdarbību. Tiek izdoti divi sērijizdevumi – Latvijas Nacionālā vēstures muzeja raksti un Latvijas kultūrvēsturiskais mantojums ārzemju krātuvēs, kā arī izstāžu katalogi, ceļveži, monogrāfijas, rakstu krājumi.
No 2008. gada marta līdz 2017. gada februārim LNVM sastāvdaļa bija Āraišu arheoloģiskais muzejparks. 2010. gadā muzejam pievienots Latvijas Kultūras muzejs “Dauderi”, kas atrodas vēsturiskā savrupnamā Sarkandaugavā. Savukārt 2015. gada janvārī LNVM iekļāva Tautas frontes muzeju – Latvijas jaunāko laiku vēstures liecību krātuvi.
Kopš 2000. gadu sākuma nozīmīgākais muzeja attīstības projekts bija plāni par Rīgas pils atjaunošanu un muzeja telpu paplašināšanu, kā arī jaunas muzeja krātuves izveide tam speciāli celtā ēkā.
Pagrieziena punkts šo plānu realizēšanā bija postošais ugunsgrēks Rīgas pilī 2013. gada jūnijā. Pēc ugunsnelaimes LNVM krājumu pārveda uz pagaidu telpām Lāčplēša ielā 106/108, savukārt pamatekspozīcija un izstādes tika izvietotas Brīvības bulvārī 32. Pagaidu mājvietā desmit gadu garumā tika veidota aktīva izstāžu programma, no kurām vērienīgākā bija valsts simtgadei veltītā 68 Latvijas muzeju kopizstāde “Latvijas gadsimts”. COVID-19 pandēmijas iespaidā tika izveidota jauna muzeja digitālo resursu vietne eMuzejs.
2020. gadā daļa muzeja pārcēlās uz jaunuzbūvēto Muzeju krātuvi Pulka ielā 8, Rīgā, kur patlaban atrodas muzeja krājums, strādā muzeja pētnieki, restauratori un administrācija.
2024. gada vasarā muzejs sāka atgriešanos tikko rekonstruētajā Rīgas pils senākās daļas jeb kastelas dienvidu korpusā. Pārējās Rīgas pils kastelas daļas vēl gaida rekonstrukciju, lai muzejs apmeklētājiem varētu piedāvāt jaunu un pilnvērtīgu Latvijas vēstures ekspozīciju un tematiskās izstādes.